Ya vi la solución del problema, se lo que hizo pero, aún no entiendo como funciona.. Las funciones llamadas por separado si funcionan pero no entendí en esta ocasión el loop. Dejo un poco de código de como intentaba solucionarlo:
y=600; function actualizarPantallaizq(){
limpiarPantalla();
crearCircunferencia(y,20,20);
y=y-1;
}
var bandera=false;
while(bandera==false){
setInterval(actualizarPantalla,10);
if(x==599){
bandera=true;
x=0;
}
}
while(bandera==true){
setInterval(actualizarPantallaizq,10);
if(y==1){
bandera=false;
y=600;
}
}