1<h1>JUEGO SECRETO</h1>
<input/>
<button>Verificar si acerto con el secreto</button>
<script>


function aleatorio(){
    return Math.round(Math.random()*10);
}

function sorteoNumeros(cantidad){

        var secretos=[];
        contador=1;
        while ( contador<=cantidad){
            var numeroAleatorio=aleatorio();
            console.log(numeroAleatorio)
            //creacion de bandera
            var encontrado=false;
            for(posicion=0; posicion<secretos.length; posicion++){

                if(numeroAleatorio==secretos[posicion]){

                    encontrado=true;
                    break;

                }

            }
            if (encontrado==false){
            secretos.push(numeroAleatorio);
            contador++;
            }

        }

        return secretos
}

var secretos=[];
//secretos.push(aleatorio);
//secretos.push(aleatorio);

var secretos= sorteoNumeros(4);
console.log(secretos)
var input=document.querySelector("input");
 input.focus();

function verificar(){

    var encontrado=false;

    for(var posicion=0; posicion < secretos.length ;posicion++){

        if(parseInt(input.value)==secretos[posicion]){
             alert("ganó");
             encontrado=true;
            break;
         }

    }
    if(encontrado==false){

        alert("perdió")

    }

      input.value="";
        input.focus();
}
var button=document.querySelector("button");
button.onclick=verificar;    
</script>

Las banderas sirve para comprobar datos y validar datos, te pondre un ejemplo sencillo,

//creamos la bandera
var bandera = false

var x = 5;

//comprobamos si la variable x es igual  a 5 
if(x == 5){
    bandera = true; //en caso de que la variable x sea igual a 5 colocamos la bandera en true

}

En este ejemplo vemos que usamos la bandera para comprobar si la variable x es igual a 5, en caso de que el numero no sea igual a 5, la bandera seguira siendo falsa.

Para el ejemplo del juego de las adivinanzas se usa la bandera para comprobar si el numero que se genera aletoriamente ya esta repetido dentro del array.