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no para nada lo que debes hacer es crear una carpeta específicamente para el proyecto a trabajar (cada vez que hagas un nuevo proyecto o practica crea una nueva) y desde la pestaña file vete a la opcion open folder y asi tendras unicamente los archivos exclusivos del folder
Estas abriendo un archivo .exe con el editor Visual Studio Code, lo que tienes que hacer es abrir la carpeta del proyecto que descargaste o clonaste de github, algo asi veras luego:
