Correcto

Solamente colocarías (cantidadMillas => 5000) para que valide el descuento, sin embargo los enunciados determinan que el valor 5000 (seria un punto medio) no podrían recibir descuento ya que dice que el valor debe ser superior, pero eso supongo que queda a criterio de cada persona.

Personas con una cantidad de millas inferior a 5,000 no reciben descuento. Personas con una cantidad de millas superior a 30,000 reciben un 20% de descuento. Personas con una cantidad de millas superior a 5,000, pero inferior a 30,000 reciben un 10% de descuento.

let porcentajeDescuento = 0;

let cantidadMillas = prompt("Ingrese la cantidad de millas");

if (cantidadMillas > 30000) {
    porcentajeDescuento = porcentajeDescuento + 20;
} 
else {
    if (cantidadMillas => 5000) {
    porcentajeDescuento = porcentajeDescuento + 10;
        }
}
console.log(porcentajeDescuento);

Para que el programa cumpla con lo que se pide, debes utilizar la comparación con mayor o igual que (>=) en lugar de solo mayor que (>). Si el enunciado indica que si las millas son inferiores a 5000 no hay descuento, y deseas incluir el caso en que las millas son exactamente 5000, debes utilizar la comparación con mayor o igual que.

Por lo tanto, la corrección en la condición sería if (cantidadMillas >= 5000) { para incluir el caso en que las millas son exactamente 5000. Así, el código reflejará correctamente las condiciones del enunciado.