Si por ejemplo para mayor organización de mis archivos creo una nueva carpeta en mis documentos, luego añado a esa carpeta mis carpetas que he utilizado en git, ¿git mantiene las configuraciones que he hecho hasta el momento? ¿O debo volver a configurar todo de nuevo?
Los cambios que hagas al proyecto se guardan en la carpeta .git (esa carpeta está como oculta si quieres verla solo tienes que habilitar la opción de ver archivos ocultos en tu explorador de archivos) de tu proyecto, así que no debería de darte problemas si mueves la carpeta a otro lado. Otra opción sería que clones el proyecto a la nueva carpeta. Si te refieres a la configuración propia del git como la del usuario global tampoco se ve afectado por la ruta donde esté ubicado tu proyecto.