De esta forma solucione lo preguntado pero no use Array
<meta charset ="UTF-8">
<input/>
<button>Verificar si acerto con el secreto</button>
<script>
//var secreto = Math.round(Math.random()*10);
var secreto1=3;
var secreto2=5;
var secreto3=7;
var secreto4=9;
var input = document.querySelector("input");
input.focus();
function verificar() {
if(parseInt(input.value) == secreto1,secreto2,secreto3,secreto4) {
alert("Usted acerto");
}
else{
alert("Usted se equivoco");
}
input.value ="";
input.focus();
}
var button = document.querySelector("button");
button.onclick = verificar;
</script>
Si tiene alguna sugerencia o si algo esta mal seria genial que me indiquen gracias