Porqúe en el calculo del imc simplemente no se pone el peso y la altura y en vez de eso se le agrega form.peso.value?
function capturarDatosPacientes(form){
var paciente = {
nombre: form.nombre.value,
peso: form.peso.value,
altura: form.altura.value,
gordura: form.gordura.value,
imc: calcularIMC(form.peso.value, form.altura.value)
}
return paciente;
}