Saludos.
Mi percepción sin tener mayor experiencia en este tema, es que las dos herramientas tienen un foco diferente en el valor que ofrecen. Por una parte Git en mí opino es más útil si uno va ha trabajar algo más personal, ubicando los archivos localmente. Por otro lado GitHub lo percibo mas orientado a trabajos de colaboración con otros desarrolladores, permitiendo adelantar el trabajo de una forma distribuida (Entre diferentes personas), reduciendo la probabilidad de error (Perdida de configuraciones) y agilizando los tiempos de desarrollo.
Seguramente habrán más diferencias. Al menos estas son las que percibo entre las mas relevantes.
En cuanto a la pregunta sobre ¿cual es mas recomendable?. Creería que la respuesta es “Depende”. Depende que cual sea la necesidad de desarrollo que tengamos en ese momento.
Espero sea de utilidad esta respuesta.