Hola, tu codigo esta bien, solo tienes un pequeño detalle, recuerda que la funcion alert debe ir dentro del script.
<script>
    alert("Ejercicio de diferencia de edades");
</script>
<meta charset="UTF-8">
<h1>¿Cuántos años de diferencia hay entre mi hermano y yo?</h1>
<script>
    alert("Ejercicio de diferencia de edades");
    function lineJump() {
            document.write("<br>");
            document.write("<br>");
        }
        function print(message) {
            document.write(message);
            lineJump();
        }
    var age1 = 25;
    var age2 = 42;
    var ageDifference = age1 - age2; 
    print(" La edad de mi hermano es " + age1 + " años");
    print(" Mi edad es " + age2 + " años");
    print(" La diferencia de edades es " + ageDifference + " años");
</script>