Hola compañero respecto a ese tema siempre es bueno usar una buena semántica primeramente sobre el código HTML del sitio web usando adecuadamente las etiquetas pero es verdad que el mal uso del css y js pueden interrumpir por completo la accesibilidad del sitio para personas con alguna discapacidad, es por eso que lo mas adecuado seria no excederse con ninguno de los dos con demasiadas animaciones y código para que un sitio pueda ser correctamente accesible ya que actualmente son lenguajes fundamentales para que un sitio toma vida, todo eso igual dependiendo de la temática del sitio o app, igual te comparto este articulo que encontré sobre características mas técnicas de consejos en cuanto a el uso de los dos:
https://developer.mozilla.org/es/docs/Learn/Accessibility/CSS_and_JavaScript
Saludos!