Estimada Karina Molina, un arreglo o array, piensalo como que es una coleccion de elementos, por ejemplo:
var valores = [1,2,3,4,5,6];
Este array es de 6 elementos, pero los array comienzan en la posicion 0, es decir, que el valor asocioado a la posicion 0, es el 1, que se accede de la siguiente manera valores[0], donde valores es el nombre del array y el indice 0, indica el valor que guarda en dicha posicion, que para nuestro ejemplo es el 1.
Para poder ver cada uno de los valores que contiene el arreglo o array y recorrerlo usas el for y accedes al valor asociado a la posicion indicada por el indice y lo comparas con el numero ingresado en el input, por eso es que se hace la siguiente comparacion, para verificar que el valor ingresado en el input existe entre los elementos del array o arreglo de valores:
if(parseInt(input.value)==secreto[posicion]))
Espero haberte ayudado, saludos desde la Republica Dominicana.