Hola Gustavo, no funciona porque le estas diciendo que si o si tiene que ser S y s .... para solucionarlo deberías colocar tieneLicencia == "S" || tieneLicencia == "s"
Ahi si funcionaría. Igual un tip seria utilizar la función .toUpperCase() para que no importa como lo ingrese el usuario , siempre estará en mayúsculas para tu programa. El código en la parte de la declaración de la variable quedaría asi:
var tieneLicencia = (prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N")).toUpperCase;
o en 2 pasos seria asi:
var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N")
tieneLicencia = tieneLicencia.toUpperCase()