Consulta

Hola Ana, el problema seguramente se deba a que no estás especificando dónde se debe guardar cada cálculo; te recomiendo crear dos variables donde se almacenen los resultados, y calcular en base a esas dos variables, como en el ejemplo que te puse a continuación:

<h2>Calcular IMC</h2>

<script>

    function saltarLinea()
    {
        document.write("<br><br><br>");
    }

    function imprimir(texto)
    {
        document.write(texto);
        saltarLinea();
    }


    //Calcular IMC
    function calcularIMC (peso, altura, nombre)
    {
       IMC = peso / (altura*altura);
       return IMC;
    }

    persona1 = prompt("Ingrese su nombre")
    peso1 = prompt(persona1 + " ingrese su peso.")
    altura1 = prompt(persona1 + " ingrese su altura.")

    persona2 = prompt("Ingrese su nombre")
    peso2 = prompt(persona2 + " ingrese su peso.")
    altura2 = prompt(persona2 + " ingrese su altura")


    var IMC1 = calcularIMC (peso1, altura1, persona1)
    var IMC2 = calcularIMC (peso2, altura2, persona2)

    imprimir("El IMC de " + persona1 + " es de " + IMC1)
    imprimir("El IMC de " + persona2 + " es de " + IMC2)
    imprimir ("El promedio entre " + persona1 + " y " + persona2 +  " es de " + ((IMC1+IMC2) / 2))

</script>

Holas ANA, sin modificar tanto tu codigo, podrias asignar cada resultado del calculo IMC a variables como cristianIMC, felipeIMC, para luego en el mensaje solo mostrar el resultado de la division entre los IMC de Felipe y Cristian. Espero haberte ayudado.