Al poner la variable tipo Double, puede comparar tambien valores decimales.
import java.util.Scanner;
public class CompararNumeros { public static void main(String[] args) {
Scanner scanner = new Scanner(System.in);
System.out.println("Ingrese el primer número");
Double numero1 = scanner.nextDouble();
System.out.println("Ingrese el segundo número");
Double numero2 = scanner.nextDouble();
if (numero1 > numero1){
System.out.println("El numero " + numero1 + " es mayor!");
} else if (numero1 == numero2) {
System.out.println("Los numeros son iguales");
} else {
System.out.println("El numero " + numero2 + " es mayor!");
}
}
}