A mi no me gusta combinar HTML con CSS y JS es por eso que recomiendo poner todos los archivos por tipo de lenguaje en diferentes carpetas dentro de una carpeta general para evitar confusiones y con ello quizás un código largo y difícil de entender. También GitHub les puede servir cuando trabajen código de manera colectiva, o bien, si quieren trabajar el código en múltiples dispositivos también es bueno!