Una vez haces un git init en tu proyecto le indicas que esa carpeta y sus sub carpetas sean "vigiladas" por git. Pero recuerda que git no los hace parte del repositorio hasta que los agregues al mismo. Para ello profesor indica que hay que usar
git add "nombre de la carpeta o archivo a agregar"
O en su defecto usar
git add .
El cual agrega todas las carpetas y sub carpetas.
Si lo que quieres es que alguna carpeta o archivo ya no sea subido al repositorio puedes usar git remove. Pongamos como ejemplo que dentro de tu carpeta proyecto tiene una carpeta llamada imagenes y ya no quieres que esa carpeta por ende tampoco su contenido sea parte del repositorio entonces desde la carpeta proyecto tendrías que poner
git remove rm -r imagenes
Ese -r le indica que quite también el contenido de la carpeta.
Ahora que si quieres que deje de seguir un archivo digamos que se llame "productos.html" entonces seria
git remove rm productos.html
Y por ultimo si quieres que tu proyecto ya no tenga conexión a git la forma rápida es que borres la carpeta llamada .git que está como oculta en tu carpeta raíz(en el caso de la clase es la carpeta llamada proyecto).