Esta es una opción convertir el dato ingresado a minúscula con toLowerCase de esta manera o también lo mismo pero convertir a mayúscula con toUpperCase

<meta charset="utf-8">
<h1>Puedes conducir?</h1>

<script>

    function saltarlinea() {
        document.write("<br>");
    }

    function imprimir(frase) {
        document.write(frase);
        saltarlinea();
    }

    var edad = parseInt(prompt("cual es tu edad"));
    var tienelicencia = prompt("tienes licencia? responde S o N").toLowerCase();

    if (edad >= 18 && tienelicencia == "s"){
        imprimir("Puede conducir");
    }
    else {
        imprimir("No puede Conducir");
    }

</script>

Espero te aya sido util

gracias :)

Una opción es else if y dentro la condicional así evitas poner muchos else otra sería el switch en js