Hola Hernan, espero que estés bien
Entiendo tu duda. Cuando estás siguiendo un curso y descargas una carpeta en Visual Studio, generalmente vas a ir siguiendo las explicaciones y realizando los ejercicios al mismo tiempo.
Es recomendable que tomes notas para que puedas repasar lo aprendido más adelante. En cuanto al archivo app.js, dependerá de las instrucciones del curso. Si el ejercicio te pide que lo dejes en blanco para empezar desde cero, entonces sí, deberías dejarlo en blanco.
Recuerda que es normal sentirse confundido al principio, pero con la práctica y la dedicación todo se vuelve más claro. ¡Ánimo con tus estudios!
Espero haber ayudado y buenos estudios!