baje eje x 100px para que no desaparezca el dibujo

<canvas width="600" height="400"></canvas>
<script type="text/javascript">
    var pantalla = document.querySelector("canvas");
    var pincel = pantalla.getContext("2d");

    pincel.fillStyle="lightgrey";
    pincel.fillRect(0,0,600,400);

    function dibujaCirculo(x,y,radio) {
    pincel.fillStyle="black";
    pincel.beginPath();
    pincel.arc(x,y,radio,0,2*Math.PI);
    pincel.fill();
    }

function limpiaPantalla() {
    pincel.clearRect(0,0,600,400);
}

var x = 0;
var direccion = 0;

function actualizaPantalla() {
    limpiaPantalla();

    if (x > 500) {
        direccion = -1;
    } else if (x < 10) {
        direccion = 1;
            }

    dibujaCirculo(x+0,20,10);
    dibujaCirculo(x+20,40,20);
    dibujaCirculo(x+40,20,10);
    x = x + direccion;
}

setInterval(actualizaPantalla,1);

</script>