Ayuda con el elseeee. Será el orden?

¡Hola Jorge! Gracias por compartir tu código. Parece que el problema está en que no estás manejando el caso en el que la persona no tiene licencia, ya que solo estás evaluando si tiene licencia igual a "S". Para solucionar esto, puedes agregar un "else" después del "if" que evalúa si tiene licencia. De esta forma, si la persona no tiene licencia, se ejecutará el código dentro del "else". Aquí te dejo el código modificado:

<meta charset="UTF-8">

<script>
    function saltarLinea() {

        document.write("<br>");

    }

    function imprimir(frase) {

        document.write(frase);
        saltarLinea();

    }

    var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
    var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");

    if (edad >= 18) {

        if (tieneLicencia == "S") {

            imprimir("Puedes conducir");

        } else {

            imprimir("No puedes conducir");

        }
    } else {

        imprimir("No puedes conducir");
        
    }

</script>

Espero que esto te ayude a solucionar tu problema. ¡Buenos estudios!

Un saludo.