Hola, esto se soluciona con los IF anidados puedes descartar si puede conducir o no. te dejo mi codigo espero que te ayude

<meta charset= "UTF-8">

<h1>¿USTED PUEDE CONDUCIR?</h1>

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<script>

    function saltarLinea() {
       document.write("<br>");
    }

    function imprimir(frase) {
        document.write(frase);
        saltarLinea();
    }

    var edad = parseInt(prompt("¿Cuál es tu edad?"));
    var tieneLicencia = prompt("¿Tienes licencia? Responde S o N");

    if (edad >= 18){

        if (tieneLicencia == "s"){

            imprimir("Puedes conducir");

        }else{

            imprimir("No puedes conducir");

        }

    }

    if (edad < 18){

        imprimir("No puedes conducir");

    }
    </script>

*Si este aporte te ayudo no olvides marcar como solucion! *

Saludos!

En este ejemplo solo tomaría la s minúscula , así que para que te acepte tanto las s mayúscula como minúscula, podrias colocar en el segundo if anidado lo siguiente:

if (tieneLicencia =='s' || tieneLicencia =='S') {
        imprimir('Puede conducir');

O tambien utilizar: toUpperCase.

Feliz dia