El error de que no apareciera en el alert Superman, estabá en que la variable de i comenzaba en 1 y no en cero, pues en el indice del array 0 es la primera posición y es donde estaba situdado Superman.
Así quedaria con el respectivo ajuste.
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes .length; i++) {
alert(heroes[i]);
}