Aqui el error fue el valor de la varaible i inicializo en 1. Se tiene que cambiar a 0.
// 0 1 2 3 <--- aqui esta, como empezo del el 1 solo admitio a Thor, Batman y Mujer Maravilla
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 1; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}
Aqui el codigo corregido:
var heroes = ["Superman", "Thor", "Batman", "Mujer Maravilla"];
for( var i = 0; i < heroes.length; i++) {
alert(heroes[i]);
}