Creo que tienes un error en la función de comparar numero y tambien una mala practica de programación, estas usando la variable mayor para almacenar el resultado de la comparacion, pero en ninguna parte la declaras es decir, te falta escribir let mayor;
para poder usarla, ademas el mobre de tu varaible coincide con el nombre de la fución y segun recuerdo eso estaba considerado como una mala practica.
Ademas como sugerencia puedes evitar la utilizacion de la variable mayor
si simplemente retornas despues de la condición, es decir
function mayor(num1,num2){
if (num1>num2) return num1;
else if (num2>num1) return num2;
else return "Los números son iguales";
}
console.log(mayor(5,5));