Me quedo con ésto.
Este operador de exclamación con igualdad es diferente. Cuando le dices a JavaScript que compare A con B, solo será verdadero si son diferentes, a diferencia de lo que habíamos estado trabajando con igualdad. Perfecto. Entonces, aquí, prácticamente continuará dentro del while, es decir, será verdadero siempre que esos dos sean diferentes.
Y podemos ver con la identación, por eso que sin identar en JavaScript funciona, solo que una buena práctica de programación es respetar esas identaciones, esos espacios donde visualmente veo que el if está dentro del while, que el prompt, donde le pedimos a la usuaria, está dentro del while y todo ese bloque de código se cumplirá en ese ciclo de repetición que hemos definido.
Tal cual, lo que comentas de identación también a veces lo denominamos como jerarquía, jerarquía de código, donde el bloque que está dentro del while es como un hijo del while. Entonces hay una estructura jerárquica que permite primero ver, visualmente es más claro cuando tienes las identaciones, y segundo que indica que ese código está dentro del while, es parte del while y depende del while, ¿ok?